質問者が納得AppleIDが同じでもLINEのIDは別にすることができるはずです。
iPadはFacebookのIDを作って、それで登録するといいでしょう。
メッセージも別にしたいのでしたら、iCloud用に別のAppleIDを作成します。
http://support.apple.com/kb/ht4895?viewlocale=ja_JP
既にiCloudにIDが設定されている場合の変更の方法はこちらを参考にしてください。
http://kcszk.com/blog/archives/2391
iCloudに新...
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