質問者が納得基本的にCMスキップは番組の側の仕様によって可不可が決まるので、レコーダーの方は関係ないかもしれません。
古い知識ですが、CMスキップはCMと本編の音声がモノラルとステレオで違っているので、それを感知して働くものだったと思います。
で、スキップされてはたまらないCMスポンサー側が、機能を殺すためにCMの音声を本編に合わせてきたので、事実上作動しなくなりつつある、と。
http://ja.wikipedia.org/wiki/CM%E3%82%B9%E3%82%AD%E3%83%83%E3%83%97
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