質問者が納得再インストール用のファクトリバックアップというのが、いわゆるリカバリーディスクであれば、リカバリーパーティションを壊そうが消そうが、好きにすればいいわけで。
リカバリー（工場出荷時に戻す）が面倒なら、現状のまま使ってもいいと思います。
あちこち動かして区切りたい部位以外も触ってしまいました←これが原因でしょうね。
どんな理由でCドライブを弄ったのか不明ですけど、トラブルに備えて、正常時に戻せる用意をしてから弄りましょう。
補足への回答です。
Cドライブしかなかったので、データ用ドライブ（パーティション）...
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