質問者が納得私も同じ様に指紋認証不具合が発生しました。
ショップで確認してもらうとアプリが邪魔をしている可能性があるとのことでセーフモードにて確認しましたがダメで、初期化（購入時の状態）をしましたが改善されませんでした。
基板の不具合の可能性があるので修理と言われましたが、購入して１年がたっていなかったので交換してもらいました。
ショップで不具合が証明できれば修理対応になると思います。
早めにショップに行くことをおススメします。
修理に出す前にバックアップを忘れない様にして下さい。
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