質問者が納得輝度を下げても効果がない場合、シャープネスを下げてみては？
はっきり見え過ぎることで、目が細部まで見ようとして疲れるのかもしれません。
それと色温度を黄色よりにすると、ブルーライトカットメガネの役割を果たしてくれます。
あとは質問者さんが書いている機能を一つずつオフにして様子を見ていくとか。
全部の設定を切っても痛いようなら、あとはやはり液晶保護フィルム反射防止（ノングレア）を貼るしかないかもしれませんね。
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