質問者が納得ひとくちにPDFと言っても、中身はいろいろです。テクスト・データが取り出せる設定になっているものもあれば、そうでないものもあります。PDF の編集ができるソフトウェアをパソコンにインストールして、それぞれのPDF文書のプロパティーを確認されることをおすすめします。
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> 自炊したものをPDFで読む場合や、フリーソフトなどを使ってMobiファイルに変更したものを読む場合には、そうしたKindleの機能を活用することが今のところできず
自炊のPDFは画像ベースなので,それは不可能に決まってます。い...
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