質問者が納得透明をサポートしないバージョンのIllustrato、PDF、EPSなどで保存すると、透明効果を使っている部分が分割されて線が出てしまうことがあります。（ストリークといいます）
おそらく線が出始めた頃に、形式を変えて保存されているのではないでしょうか。線などにジャギーが出るのも、その際に低い解像度で分割されたためでしょう。もし上書きされていなければ、元のファイルを使えば線は出なくなるはずです。
http://www.photoshopworld.jp/massmedian/070622/tips/p0...
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