質問者が納得Illustratorの環境設定ファイルは「Adobe Illustrator 環境設定」というファイル名で保存されています。環境設定ファイルをクリアすればファイルを開けるようにないると思います。環境設定ファイルの保存場所は下記を参考にして下さい。
http://kb2.adobe.com/jp/cps/232/232177.html
これを変名してからIllustratorを起動すると、Illustratorが環境設定ファイルを再作成します。
補足への追記
環境設定ファイルはIllustratorで...
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