質問者が納得＞一括設定をやり直すことによって何か消えたり変わったりしてしまうのでしょうか？
メールアプリの中のキャッシュされているメールは消えますが、再度設定してメールサーバーに接続した時点で再度メールサーバーから再取得されますので最終的には何も変わらない状態になると思います。
＞例 iCloudのバックアップが消えるとか
消えません。一括設定は携帯電話キャリア（たぶんソフトバンクモバイル？）の電子メールサーバーに関する設定で、iCloudのバックアップはアップル社のiCloudサーバーの中の話ですので関係はあり...
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