質問者が納得＞ビデオの本体での再生は問題ありません。
＞ImageMixerを使用しパソコンと接続するとビデオファイルが認識されません。
＞ビデオカメラ本体で内蔵のメモリーからSDカードにコピーするとビデオファイルがImageMixerで認識され、保存やDVD作成が可能になります。
ということは取り敢えず実害は無いのですね。
であるならば、今入っている映像ファイル全部をSDにコピーして、フラッシュメモリーを全消去してみては如何でしょう。
実は私も先日、似たような真逆のこと（なんじゃそりゃ？）をやってしまいました。
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