質問者が納得どうやら、SDカードのファイル構造情報（FAT）などの管理情報だけでなく、画像データの一部にも損傷（読み出せない部分）が発生してしまったようです。
そのような場合は、まず確認として、データ復旧用のソフトウェアを使用してみましょう。 但し、削除からの復旧ではなく、区画開放や、フォーマットからの復旧機能を持つものが必要です。
無償のものもあるかも知れませんので、
http://www.vector.co.jp/vpack/filearea/win/util/disk/care/
で、一度お探しになってみたら...
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