質問者が納得PCで見えないデータは、バックアップの対象とはならないでしょうから、見えないデータは消えてしまうと思った方が良いでしょう。
例えば、普段使っていたデジカメで、追加撮影してみると、読める場合もありますし、他のカードリーダーや、PCで読み込むと可能な場合もあります。
データの読み書きは、そのくらい繊細な事で読み書きの具合が変わる事もあるので、色々と試してみて、どれもダメなら、データは諦めるつもりで、SDカードを再フォーマット・・・。でしょうか。
カードによって、不安定な物もありますし、他の製品と同じで、永久...
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