質問者が納得PCでは再生出来ているとの事ですので、変換時の設定に問題がありそうに思います。
何か他のファイルで、正常に再生出来る物がある場合は、
真空波動研SuperLite
http://www.forest.impress.co.jp/lib/pic/video/vdoenc/shinkuuslite.html
MediaInfo
http://www.gigafree.net/media/mediainfo.html
などでビットレートその他のフォーマットを確認して、それと同じになるようにエンコードしてみてはい...
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