質問者が納得tksoftさんも指摘されてるとおりケース内部の配線脱落により、
ケース正面のUSBポートが作動しなくなっている可能性があります。
特に自作ケースのHDD冷却兼吸気ファンをいじったときや、
同じくフロントパネルを着脱したときなどありがちなミスとして、
スイッチ類や各種インターフェースのコネクタまで外し、
そのことに気付かぬまま蓋を閉じてしまった…というのがあります。
自作等で用いる汎用ATX/.MicroATXマザーボードの場合、
ここ数年はUSB2.0やIEEE1394(FireWire)のコネクタを、
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