質問者が納得iPod Touchのリセットは工場出荷時の状態に復元すれば可能ですが、AppleID関連はリセット出来ません。まず会社で作成したAppleIDと、自宅で作成したAppleIDがあると思うのですが、利用するIDをどちらか一方に絞ることです。同期時のエラーメッセージは恐らく「一部のアプリケーションはこのコンピュータで認証されていないため、転送することが出来ませんでした」というものだったと思います。その場合は、そのアプリをDLした時のAppleIDを画面上Store>このコンピュータを認証 すれば解決します。
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