iPod touch (2nd generation) フォルダ分けの解決方法

質問者が納得iTunesに繋いだ時にホームのどこかに表示されてるならそのまま同期すれば復帰すると思いますが、iTunesに繋いだ時に表示されていないなら、一度そのアプリのチェックをはずして同期をはずした状態で一度同期してください。その後再度アプリのチェックをすればiTunes上のiPhoneのホームにアプリが復帰していると思うのでもう一度同期してみてください。