iPod (5th generation Late 2006) ところ問題ない速度の解決方法

質問者が納得もし、上書きでアップグレードされたのであれば、クリーンインストールも試してみてはどうでしょうか？ どうみてもドライバが足をひっぱっているように思えますが、アップグレードならば、古いドライバを参照してしまってる等で最適化されてない可能性もあります。