質問者が納得圧縮する前までは動画に音があるのでしょうか？
もし圧縮の段階で音声が消えてしまうなら(私もありました)、
１、まずムービーメーカーなどで動画の音声だけのファイルを作成(wav形式)します。
２、その後aviutlでの圧縮の際にファイル⇒音声読み込みでさっきの音声ファイルを読み込む
３、今までどおり圧縮する
私の場合はH.264出力の際に音が出なくて困りましたが、上記の方法で解決しました。
質問者さんの事例で効果があるかわかりませんが、試してみてください。
残像についてはよくわかりませんが、
・設定⇒...
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