質問者が納得DRTCPを使わずにNetTuneだけで設定したほうがうまくいきます。
NetTuneのＴＣＰＷｉｎｄｏｗ ＳｉｚｅとＡＦＤのＤｅｆａｕｌｔＳｅｎｄＷｉｎｄｏｗ、ＤｅｆａulｔSendWindowの三箇所に同じ数値を入力、（一箇所入力毎に設定をクリック）、再起動で反映されるはずです。
たぶんＡＦＤの項目に入力しなかったのではないですか。
私の場合はＲｗｉｎは単純に初期値65535の累乗倍（２倍、４倍）で設定しています。
ＭＴＵは気にしなくてもＯＫです。
参考
Ｒｗｉｎ調整前
下り回線
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