質問者が納得コマンドプロントでconvertを実行すれば出来ます。
「Windowsキー」+「R」で「ファイル名を指定して実行」の名前欄に「cmd」と入力し「コマンドプロント」を起動します。
コマンドプロントで「convert ?: /fs:ntfs」と入力し「Enter」を押せはOKです。
※?は変更したいドライブ名を入れてください。
FAT ディスクを NTFS に変換する方法
http://www.microsoft.com/japan/windowsxp/using/setup/expert/convertf...
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