質問者が納得たぶん、フォルダを右クリックして「コピー」して「ペースト（貼り付け）」をやっているんだと思いますが、フォルダ内のファイルが多いとうまくいかないことがあるみたいです。
エクスプローラを２つ起動して並べて、
（例えば）
・左のエクスプローラでDドライブを開く
・右のエクスプローラで外付けHDDを開く
左のエクスプローラで、コピーしたいフォルダを掴み（マウス左ボタン押しっぱなし）、そのままマウスを移動させて右のエクスプローラ（外付けHDD）のコピーしたい先に持っていって放せば（左ボタンを放す）フォルダごとコピ...
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