質問者が納得ＵＳＢを挿したままシャットダウンは、トラブルとはあまり関係ないと思います。
私はＣＥＵ２の、６４０Ｇのを使ってるんですが、ＵＳＢを挿したまま、
まずＨＤＤのコンセントを入れて、ＨＤＤが待機状態になるのを待ってから、
パソコンを起動。
パソコンで作業後、
ＵＳＢをつないだままパソコンをシャットダウン。ＨＤＤもシャットダウンにあわ
せて、（パソコンの電源が切れる前に）電源が切れます。
というやり方で、ＵＳＢでつないだまま、起動・シャットダウンをもう何十回も
繰り返してますが、
特にといったトラブルには...
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