質問者が納得補足に対してです。
VistaのPCをお使いのようですので、USB2.0接続だと思われますので、１GBの暗号化ボックス作成に約40秒。
質問者様が何GB指定しているのか分かりかねますが、数時間もかかるのはおかしいですね。
外付けHDDを空にしておく必要はないはずです。何故なら、複数の暗号化ボックスを作成することが出来るからです。
となると原因は、SecureLock +Guardのインストールがうまくいっていないのかもしれません。
一度アンインストールし、再度下記URLからDLし、インストールを行ってみてく...
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