質問者が納得特定フォルダでフォーマットしますかのエラーが出るということは、部分的に読み取りエラーが出ていると思います。とはいってもまだ軽微な損傷に収まっているレベルのようなので、まずは無事な部分をすべてバックアップしましょう。
復旧作業はHDDに多少の負荷をかけるので悪化させることもよくありますので要注意です。
復旧作業はその程度でしたら市販の復旧ソフトでも可能ですし、無料のソフトでも対応できる可能性はありますが、ただそのURLのソフトはroot情報からのフォルダ構造などを保ったままの復旧ができるのでしょうか? 参考...
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