質問者が納得元々、Windows9x系はNTFS自体に対応してません。
以前は、有償ならば、Win9x/Me用のNTFSドライバ(確か、NTFS for Windows98とかいう名前)とかありましたが、現在はWindows98自体がサポート終了したので、既に配布されていません。
なので、普通に考えて、FAT32でフォーマットするしかないでしょう。
また、バックアップの都度ケーブルを差し替えるのであれば、ギガビットLANを組んで、ネットワークで直接PC同士を接続して転送したほうが、結局は速くて手間が掛からないと思いま...
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