質問者が納得外付けHDDにデータの移行が成功したかどうかの確認は、コンピューター → 外付けHDD とクリックして、移行したデータが有るかどうか確認すればよいと思います。
フォルダーは、例えて言うと書類を綴るファイルの様な物で沢山あるデータを分類して分かりやすく保存するための物です。
従って自分で分かりやすくなっていればどんなフォルダー形式でも問題有りません。
ただマイピクチャーやマイドキュメントなどはWindowsが勝手に管理していますのでそのまま利用した方が良いと思います。
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