質問者が納得うまくいくかどうか分かりませんが、ローレベルフォーマット（物理フォーマット）をしてみてはどうでしょうか。
BUFALLOの「Disk Fomatter」をダウンロードしてください。
↓
http://buffalo.jp/download/driver/hd/format.html#1
説明は下記PDFの９ページに載っています。
↓
http://manual.buffalo.jp/buf-doc/storage/diskformatter.pdf
物理フォーマットは非常に時間がかかりますので、ご承知...
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