質問者が納得元のファイルが壊れている可能性もあります。
DVDから起動して、ディスク及びアクセス権の修復を
行ってみて下さい。
接続がファイヤーワイヤーならUSB2.0で、
USB2.0で接続しているのならファイヤーワイヤーで接続し直して
確認してみて下さい。
TimeMachineのバックアップの初期作成は時間がかかります。
(次回からは差分だけですので気がつかないうちに終わっています)
できれば夜中にでも他のアプリケーション等を使用しない状態で完了させてみて下さい。
補足について
最初に壊れたファイルをバックアップ...
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