質問者が納得「HDD内フォルダのアイコンが、何故か突然ショートカット表示」という事例は聞いたことがありません。誤作業によるものでないなら、書き換え型のウィルスに感染しているとかでぐらいでしょうか。
データの痕跡自体は残っている可能性はありそうなので、市販の復旧ソフトを試してもよいでしょう。1万円もしないのでそれぐらいなら予算内に収まるかと思いますが。
もっと安全確実に出来る限り復旧したいということがあるなら専門の復旧業者に依頼しても良いと思います。費用としては数万円程度からになります。
復旧ソフト一覧
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