質問者が納得物理フォーマット中でも磁気ヘッドはディスクに対して極わずかに浮いています。
また、ディスク表面には保護層と潤滑膜が塗布されていて、万が一磁気ヘッドがディスクに接触しても、ディスクがクラッシュするのを防いてくれます。
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http://www.chem.utsunomiya-u.ac.jp/lab0508/kaimen.htm
HDDは壊れやすいがゆえ、クラッシュしないように何重にも防止策が施されています。
ですが、100％大丈夫かと言われても保証ができません。
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