質問者が納得物理フォーマットと言っても、実際はゼロフィル(0で上書き)してるんだと思いますが、
途中で止めたからと言って、それでHDDが壊れる事はありません。
止めたところ以降の、以前あなたが書き込んだデータが復元されるかもしれない、というだけです。
売るつもりなら、時間が掛かっても最後までやりましょう。
USB 2.0接続だと遅いので、中のHDDを取り出せるなら、直接PC内に接続(IDE or SATA接続)すれば早くなります。
或いは、バファローのディスクフォーマッタを使えばWindows上から物理フォーマット...
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