質問者が納得自分の場合、外に持ち出すかどうかで使い分けています。
持ち出さないのなら3.5インチの据え置き型、持ち出すのなら2.5インチのポータブル。2.5インチだとインターフェイスの種別より回転数やキャッシュ容量などの制限で性能的には据え置き型に劣りますが、やはり軽量・コンパクトという点と、FireWire (IEEE1394)のケーブル1本でUSB 2.0より安定した電源供給とデータ通信ができることが一番の利点です(ちなみにMacです)。
要は、どのように使用するかだと思います。
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