質問者が納得数ヶ月前、XPからVistaにメインマシンを替えました。外付けHDDをアイオーとバッファローの両方使っていますが、問題なく認識されました。外付け機器を複数台つないでいる場合、挿した順に認識されますので、最初のほうのドライブにしたものから順番に接続します。
私の場合はC,Dが内蔵HDD、QがDVDドライブでしたので、EドライブにしていたHDDを最初に接続し、FドライブにしていたHDDを後から挿しました。
次からは、いちいちそうしなくてもPCが覚えていますから、接続したまま起動してOKです。
5526日前view35