質問者が納得もし、HDDを初期化された場合は、CD-R(またはCD-RW)で起動ディスクを作成しておかないと、立ち上げができませんので、必ずBootDiskを作成しておいて下さい。(起動できなければバックアップを戻せない。)
外付けのHDDに「イメージコピー」のソフトが付属していると思いますが、それで全体の「イメージバックアップ」を行えば、復元したときに、システムの設定情報は総て元通りに戻ります。(普通のファイルコピーでは、各種の設定情報を総て手作業で再設定する必要があります。)
蛇足ながら、ファイルのバックアップでよ...
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