質問者が納得そのHDDを[ディスクの管理]から内容を見てみると[GPT保護]とかでていませんか。
私はそのケースで、バッファローから「DISK FORMATTER」というソフトをダウンロードしてきて、そのソフト上から対象HDDを指定して[パーティーション削除]をしています。
その後、Windowsの[ディスクの管理]がまともに機能するようになりますので、そこで領域やパーティーションの設定・フォーマットまでして使えるようにしています。
http://buffalo.jp/download/driver/hd/form...
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