質問者が納得OSの機能としては32GiBを超えるパーティションをFAT32でフォーマットすることは出来ません。サードパーティのフォーマッタでフォーマットすることはできると思います。ていうか、その外付けHDDに専用のフォーマッタがついているんじゃないんですかね。
いちおう、フリーのFAT32 Formatterを紹介しておくけどね。
http://www.forest.impress.co.jp/lib/sys/hardcust/defrag/fat32format.html
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