質問者が納得エンジンとミッションを繋ぐ漏斗のような部品はベルハウジングと呼びますが、この下側の穴/切り掻きの事でしょうか？
ベルハウジングは濡れると滑るクラッチ部品が納まりますから水抜き用兼、クラッチ板が半クラ操作などで焼けた場合の冷却用です。
もしAT車なら洩れたATFの排出と冷却目的です（銘柄によってはドライブプレ－トを固定する専用工具穴を兼ねたのも有ります）。
コレだけの情報では異音の予想は難しいですが、前進から後進（あるいは逆）に切り替えて発進する瞬間の音なら歯車のバックラッシュ音だと思います。方向を変える...
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