質問者が納得はじめまして。
スバル車のことは判りませんが参考までにマツダ車について説明します。
近頃の車はパワーウィンドーの挟み込み防止として自動反転機能が設定されています。
この機能はバッテリーから端子を外すとリセットされてしまいます。
パッテリー交換や端子を外した時は全閉位置の設定が必要です。
マツダ車の場合、運転席のスイッチをUP側に操作しガラスが閉まっても約2秒間スイッチをUP側に上げていれば完了です。
スバル車でも同じか判りませんが試してみると良いと思います。
こんな回答で申し訳ありません。
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