質問者が納得ちょいと、詳しいエンジン仕様が判らないので何とも言えませんが、参考まで。
全く同様の現象が知人のサンバーで起こって、色々と調べていたらオイルフィラーキャップの上にあるボルトに、いくつかの配線（マイナス）をヘッドカバーに共締めしている配線があります。その中の1本のコードが繋がっているように見えて、実際は接触不良を起こしていました。回路図を見ていませんが、その線を揺すると点火プラグからの火花が飛んだり飛ばなかったりしていたので、点火系なのは間違いありません。
チェックしてみてください。これで治れば超ラッキー...
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