質問者が納得車体についてですが、バッテリー交換でコントロールユニット(コンピューター)がリセットされた場合、そのまま普通に走っても特に問題ないと思います。エンジンに関しても、リセット後から走行時コンピューターは常に学習して行きます。どうしてもご心配なら地球に優しくない事なのであまりおすすめしませんが、バッテリー交換後１０分～２０分くらいアイドリング状態で放置しておけばよろしいかと思います。
補足：バッテリーを外して３０分くらい経たないと車体のコンピューターは初期段階にならないと思いますよ・・・
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