質問者が納得flvファイルのダウンロードにSmileDownloaderを使用するのは良いと思います。Craving Explorerで下の[変換]の所でSmileDownloaderでダウンロードしたflvファイルを変換すれば良いのではないでしょうか?あと頻繁に更新しているので最新版にアップデートすると問題が解決する場合もあります。他にArea61 ビデオダウンローダーhttp://www.vector.co.jp/soft/win95/net/se411482.htmlや個人的に非推奨ですがWoopie Video...
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