質問者が納得結論からですが、カードリーダーのファームウェア（F/W）をアップデートする必要があります。確か４GB以上のmicroSDの規格が新しいもので、それ以前に発売されたものですと、アップデートの必要があります。以前、デジカメの４GBのmicroSDで似たような相談がありました。microSDには一切問題はありませんので、フォーマット等、早まらないでください。補足です。可能性の話になりますので、確認をお願いします。カードリーダーとの接触不良を疑い、microSDをSDに変換（下駄を履かせる）してみてはいかがでしょう...
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