質問者が納得TimeMachineによるバックアップは除外なしで通常通りバックアップさせておけばいいです。TimeMachineを使った復元のときに
OSはクリーンインストール、その後の初回起動の初期設定時にユーザデータだけTimeMachineから復元
という手順の復元方法を使えばOKです。
修理中はバックアップデータがすべてです。万一ハードディスクを落としたりして壊してしまうとまずいので、たいせつなデータならハードディスクを2つ用意してTimeMachineバックアップを2つ作って別々に保管しておくと安心です。
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