質問者が納得システム環境設定→キーボードとマウス→キーボード→修飾キー→設定
通常ならこれで変更できますが、おそらく試されたと思いますのでこれで出来ない様であれば10.6で今回多々見受けられる不具合の1つかも知れません。(何とも言えませんが)
もしくはターミナルから変更可能です。
http://pitecan.com/Mixi/diary/316827731.html
その他、試した事が無いので参考程度ですがBootCamp環境のWindows対応として認識させるドライバがフリーソフトでも多種出ていますので設定...
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