質問者が納得同じく、D90を使用しています。
カスタムメニューを色々と調整しているとは思いますが、カスタムメニューを一度リセットしてみてはどうですか。
ライブビュー撮影では、コントラストAFを使用しているので、AFが効いているのでしょう。 ファインダーで撮影する場合、TTL 位相差検出方式を使いAFでピントを合わせますので、AFの仕方が違います。
色々と試したのかと思いますが、ココは素直に、ニコンサービスに問い合わせた方が早いでしょうね。
問い合わせ先は、こちら。
http://www.nikon-image.c...
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