質問者が納得D90ってサブ液晶にSDカードが入ってますよ～って表示しましたっけ？
表示されてるならOKなんですが、アクセスランプが点滅だと、考えられる点はSDカード自体の不良という可能性もあります。
綿棒などで接点を拭き拭きするとか、中身を救出出来てる（PCなどに）のであれば、ひとまずD90で読み取らないのであればPCでフォーマット、その後D90に入れて問題なく読み込めるようになるのであれば、更にD90でフォーマットすれば、たまたまファイルがおかしくなった可能性があります。
一番考えられるのは、接点の汚れだとは思うので...
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