D40 難しい設定の解決方法

質問者が納得微妙な色を表現するにはJPEGではなくRAWで撮って、後でNikon CaptureNXなどなどのソフトで微調整するしかないと思います。RAWで撮影すれば現像ソフトでホワイトバランスや色調を自由に調整できます。1度チャレンジしてみてください。