質問者が納得御質問文に忠実に２つのセル範囲を指定してから実行するように作成してみました。
（ただし、一致しない部分の色は xlColorIndexNone とするよう、勝手に処理を加えています。）
参考になさってみてください。
Sub Sample()
Dim R As Range
If Selection.Areas.Count <> 2 Then
MsgBox ("２つの範囲を選択してから実行してください")
Exit Sub
End If
If Selection....
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