質問者が納得ffmpeg を変換君同梱のものから、最新版に差し替えましたか？
（rev.24695 だと、相当新しい）
bitexact は記述方法が変わっていますし、fixaspect は変換君固有です。
また、ビットレートの単位も変わっています。
http://mobilehackerz.jp/archive/wiki/index.php?%BA%C7%BF%B7FFmpeg#k7c320b6
iniファイルは、変換君のffmpeg用のようなので、ffmpegを元に戻すか、
オプションを新しいffmpeg用に書き...
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