質問者が納得L-SMASHを使うっていう点はいいと思うのですが、
拡張編集云々に関して、全体を通して何かどこかを間違って操作してるんじゃないかと思います。
AviUtlのインストールから、すべてを見直してみてはいかがでしょう。
以下の動画を参考にどうぞ。
↓AviUtlのインストール方法、編集、MP4出力等の方法も紹介
http://www.nicovideo.jp/watch/sm20449687
http://www.youtube.com/watch?v=99ZohaZ_Bb8&hd=1
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